薬学専攻が、広く薬学研究者の育成を目的としているのに対し、医療薬学専攻は医療現場に密着した専門的職業人および医療薬学分野の研究者の養成を主眼としています。そのため実務研修に重点を置いた教育を行い、これに講義、課題研究を有機的に組み合わせたカリキュラムになっています。
まず、実務研修を確実に行うための導入教育として、1年次前期に「医療薬学特論」の受講が義務づけられています。これは、臨床医学・病態解析学・薬物治療学など医療系の8科目からなり、専任教員および臨床医、病院薬剤部長によるオムニバス形式の密度の濃い講義・演習によって、医療薬学を系統的に理解できるよう配慮されています。
1年次後期より学生は各地の提携病院に配属され、約7カ月間にわたり調剤業務、薬品管理業務などの「病院薬剤実務研修」から、病棟業務、臨床活動などの「病棟実務研修」までを実地に学びます。
続く2年次では、1年次の実務研修で学んだことをベースに、医療薬学系の担当教授の指導のもとで本学または研修病院で「医療薬学課題研究」に取り組み、修士論文をまとめあげます。